Compatibilité du Tissue-Tek Xpress® x120 avec les diagnostics moléculaires de routine

Le Tissue-Tek Xpress® x120 de Sakura est un instrument puissant qui réduit le temps nécessaire au traitement des échantillons et optimise le flux de travail du laboratoire. Le professeur Herbst et le Dr Kriese travaillent tous deux pour la clinique Vivantes Klinikum Neukölln à Berlin et sont heureux de révéler que le traitement des tissus avec cet instrument n’influence pas leur capacité à effectuer des examens de diagnostic moléculaire. 

Le groupe hospitalier Vivantes est le plus grand groupe hospitalier public d’Allemagne et a été agréé par le College of American Pathologists (CAP), ce qui en fait la plus grande institution homologuée par le CAP en Europe. Parmi les cinq services de pathologie de Vivantes, le principal est l’Institut de pathologie de la clinique Vivantes Klinikum Neukölln. Dans ce service, l’accent est mis sur les technologies à haut rendement, l’immunohistochimie et la pathologie moléculaire. La clinique Vivantes Klinikum Neukölln reçoit plus de 2 000 cas de pathologie moléculaire par an pour les techniques d’isolement de l’ADN et de l’ARN.

Pour la plupart, le laboratoire de pathologie moléculaire de Vivantes analyse les échantillons à partir de blocs fixés au formol et enrobés dans de la paraffine (FFPE). Comme tous les examens effectués dépendent de la qualité de l’ADN et de l’ARN et, en fin de compte, des performances d’amplification de la PCR, il est essentiel que le matériau FFPE reçu soit de haute qualité. Vivantes utilise deux méthodes de traitement d’échantillons : la méthode conventionnelle et le traitement continu. C’est là que le Tissue-Tek Xpress x120 de Sakura entre en jeu. Directeur de l’Institut de pathologie de la clinique Vivantes Klinikum Neukölln à Berlin, le professeur Herbst travaille pour le groupe hospitalier Vivantes depuis plus de 16 ans. Son confrère, le docteur Kriese, est responsable du laboratoire de pathologie moléculaire et travaille depuis 11 ans pour Vivantes. 

Dans ce témoignage, le professeur Herbst et le Dr Kriese expliquent que les deux différents types de traitement des échantillons, conventionnel et continu, n’ont aucun effet sur la capacité à poser des diagnostics clairs. Ils expliquent d’abord à quel point la qualité est importante et comment elle est garantie dans leur laboratoire puis abordent les deux méthodes de traitement et l’avenir de la pathologie moléculaire. 

L’importance de l’accréditation en cours et de la source du matériel

« Le processus d’accréditation par le CAP », explique le professeur Herbst, « est une évaluation des procédures, de la qualité et des qualifications des personnes impliquées ». Le CAP renouvelle son accréditation tous les deux ans. Entre les évaluations du CAP, Vivantes réalise et enregistre ses propres évaluations. « Nous participons également à des tests d’aptitude pour l’Initiative allemande d’assurance qualité pour la pathologie (QuIP). » Les tests d’aptitude continus sont utiles, car ils permettent de garantir une qualité et un rendement élevés au sein du laboratoire.

En ce qui concerne les blocs FFPE et la création de blocs, la plupart des blocs proviennent des laboratoires du groupe hospitalier Vivantes. Ils ne reçoivent pas régulièrement de blocs provenant de sources externes. Avec des blocs provenant de sources internes, de nombreuses informations sont fournies et il est possible d’estimer la durée de la fixation. Le professeur Herbst explique que cela est en fait nécessaire pour l’homologation par le CAP. En ce qui concerne les blocs reçus de sources externes, peu d’informations sont connues. Cependant, les processus d’extraction de l’ADN sont très sûrs. « Dans la plupart des cas », explique le professeur Herbst, « nous obtenons de l’ADN qui peut être utilisé à des fins d’amplification PCR... et pour le séquençage de nouvelle génération (SNG), la principale technologie que nous utilisons ». Le Dr Kriese ajoute : « nous effectuons toujours une évaluation de la qualité avec la PCR et nous examinons l’intégrité des acides nucléiques que nous isolons. Nous pouvons ainsi évaluer au préalable l’efficacité du processus d’amplification et du SNG. » 

Méthodes de traitement conventionnelles comparées aux méthodes continues

Les deux méthodes de traitement des tissus et de fabrication d’un bloc FFPE - conventionnelle et continue - ne semblent pas influencer la qualité ni les tests moléculaires en aval. Selon le Dr Kriese, aucune différence significative n’affecte les tests qu’ils effectuent dans le laboratoire. Pour les tests, l’ADN isolé doit être amplifié jusqu’à 600 paires de base. Concernant l’amplification de l’ADN au-delà de 600 paires de base, le Dr Kriese explique que « cela n’est pas nécessaire car aucun test de diagnostic moléculaire n’a besoin d’ADN de plus de 600 paires de base ».

« Aucune différence significative n’affecte les tests que nous effectuons en laboratoire. » 

– Dr Kriese

« La qualité du formol est l’élément critique », déclare le professeur Herbst. « Il doit s’agir de formol tamponné neutre. »  De plus, la température du fixateur est un facteur important. Le formol chauffé présentera une augmentation significative de la quantité d’acide formique, rendant l’ADN et l’ARN presque inutilisables.

« La qualité du formol est essentielle. » 

– Professeur Herbst

Le professeur Herbst explique que le fixateur et la longueur de fixation jouent un rôle crucial. « Si les produits chimiques sont de meilleure qualité et sont traités et stockés correctement, alors tout devrait bien se passer. » Heureusement, une mauvaise intégrité de l’ADN est rare. Dans la plupart des cas, ces blocs proviennent de sources externes ou ont peut-être déjà été endommagés avant le début du processus de fixation. Le Professeur Herbst : « Si le matériau n’est pas fixé correctement et autolytisé, les brins d’ADN seront endommagés et l’ARN pourrait disparaître complètement. »  

L’avenir du diagnostic moléculaire

Le professeur Herbst prédit un avenir dans lequel la pathologie moléculaire sera davantage automatisée. Selon lui, dans 5 à 10 ans, les techniciens n’effectueront pas seulement un simple panel de diagnostic SNG, mais un séquençage complet de l’exome. Un institut de pathologie pourrait disposer d’un laboratoire de pathologie moléculaire aussi conséquent que la partie d’histopathologie de routine, voire plus grand. « Au cours de ces 10 dernières années, nous avons constaté une croissance exponentielle du laboratoire de diagnostic moléculaire et je pense que cette tendance va se poursuivre. Je crois qu’il est très important de garder l’histopathologie connectée aux tests moléculaires dans un institut. »

« Au cours de ces 10 dernières années, nous avons constaté une croissance exponentielle du laboratoire de diagnostic moléculaire et je pense que cela va se poursuivre. » 

– Professeur Herbst